En 1603, Samuel de Champlain accompagne François Dupont-Gravé, qui a été envoyé au Canada par le roi Henri IV de France. Il y visite Tadoussac ainsi que Québec et Trois-Rivières, sur lesquels il fait un rapport au roi. En mars 1604, Champlain s'embarque à nouveau pour le Canada, mais cette fois il accompagne Pierre Dugua, sieur de Mons, qui a reçu le monopole de la traite des fourrures en Nouvelle-France. Lors de ce voyage, Champlain jouera le rôle de cartographe, bien qu'il n'en ait jamais reçu le mandat officiel. C'est d'ailleurs lui qui donne plusieurs des noms que l'on retrouve dans la colonie française, notamment Port-au-Mouton (donné car un mouton serait tombé par-dessus bord à cet endroit) et Port-Royal. Pendant son séjour en Acadie, Champlain a réussi à dresser une carte complète du littoral de la Nouvelle-Écosse et du Nouveau-Brunswick, jusqu'au Cape Cod actuel.

Lors du premier hiver à l'Habitation de Port-Royal, soit en 1606, Champlain fonde l'ordre du Bon Temps. Cette société, composée de l'élite de la petite colonie et dont les membres fournissaient chacun à leur tour le gibier et autre nourriture servie aux repas, leur permettait en fait de passer le temps et de s'assurer d'une meilleure alimentation pendant les longs mois d'hivers, maigres en vivres frais.